環境

・ Windows11
・ VSCode
・ Word(Web版)

テンプレートファイルを用意

pandocでは一つのWordファイルをテンプレートとして読みこみ、それを元にデザインを決定します。なのでまずは自分で好きにデザインしたWordファイルを用意します。
一つ注意点ですが、見出しなどを作りたいとき、本文に書いてからフォントサイズを大きく、とするとpandocは見出しではなく本文として扱います。なので見出しなどを作りたいときは以下の画像のように「見出し1」などを選択してから変更してください。表題や引用なども同様です。

pandocデフォルトのスタイルを知りたいときは、ターミナルなどでpandoc -o custom-reference.docx --print-default-data-file reference.docxと打つとpandocデフォルトのスタイルのWordファイルが出力されます。

今回は以下のようなファイルを作成しました。(Microsoftが配布しているレポート用のテンプレートを改変)
これをreference.docxとして保存します。

テンプレートファイルの配置

ユーザーデータディレクトリに先ほど作成したテンプレートファイルを配置します。
ターミナルなどでpandoc -vを実行すると、ユーザーデータディレクトリへのパスなどが表示されます。
人によって異なると思いますが今回は以下のように表示されたので、pandocディレクトリにテンプレートファイルを配置します。
User data directory: C:\Users\username\AppData\Roaming\pandoc

注意点を３つ。

青い付箋マークの消し方

実行時のコマンドに-f markdown-auto_identifierを追加すると見出し横の青い付箋マークが消えます。
VSCodeの場合はsetting.jsonに"pandoc.docxOptString": "-f markdown-auto_identifiers"を追加します。

参考サイト

Pandoc User’s Guide 日本語版
 メモ: Pandocのテンプレートとデータディレクトリの優先順位
 論文とレポート(Microsoftのテンプレート)
generation of bookmarks in docx writer cannot be disabled · Issue #3476