Hexoでは、ビルドの際にsources内の.md以外のファイルはそのままpublicディレクトリにコピーされます。
これを利用して、GitHub Pagesでカスタムドメインを設定するときに必要なCNAMEファイルをsources直下に追加します。
sources/CNAME
custom.domain.com
あとは、普通にデプロイすれば、public直下にCNAMEファイルがコピーされます。
これで、GitHub Pagesのカスタムドメインの設定を維持することができます。