表題の通り3.3.1=>4.0.1にアップデートした際に「some conflicts were found in the installation area」とエラーが出てアップデートが完了しないことがありました。
対処法
Android Studioを完全にアンインストールし、最新バーションをインストールすることによって、エラーは対処できた。
MacでAndroidStudioを完全アンインストール - Qiita
補足
アンインストールの他にもSDKManagerからエラーが発生しているComponentをアンインストールし、再度インストールすると直る方法もあるようです。
今回は事前にホームディレクトリ名などを変更し時間がかかりそうだったので、完全にアンインストールする方法を選びました。