[Core ML Tools の公式ページ](coremltools 0.3.0 : Python Package Index : https://pypi.python.org/pypi/coremltools) によると、

$ pip install -U coremltools

これだけでインストールできるとのことでさっそく実行してみると、以下のようなエラーが出ました。

Collecting coremltools
  Could not find a version that satisfies the requirement coremltools (from versions: )
No matching distribution found for coremltools

みんな遭遇してるらしく、Twitter検索で以下のツイートを見つけました。

If you have problems running coremltools on Sierra, grab the Python 2.7 Anaconda: https://t.co/SS01j99wri and do a pip install after that.
— Brad Larson (@bradlarson) 2017年6月7日

（余談ですがGPUImageの作者の方ですね）

というわけで

$ pyenv versions

で入ってるPythonのバージョンを確認して、

  system
  2.7.11
  3.5.1
* anaconda3-2.5.0

バージョンを切り替え。

$ pyenv global 2.7.11

再度実行。

$ pip install -U coremltools

うまくインストールできました。

Successfully installed coremltools-0.3.0 numpy-1.13.0 protobuf-3.3.0 setuptools-36.0.1 six-1.10.0