WinMerge の新しい版(去年ぐらいのバージョン)では、CSVの比較を Excel 風に表示できるようですが、それではダメということでしょうか?
あるは、フリーウェアなどで CSV を比較するツールもあるようですがそれらではどうでしょうか?
最終的に Excel にするなら、そもそも Excel 上で比較して色付けすることもできそうですが、それだと問題があるということでしょうか?
(テーブルを2つ作って、片方のテーブルに条件式書式で、もう片方のテーブルと違っていれば色を付ける、という設定をするとか)
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