tl;dr

step="60" で回避したらいいんやで。

<input type="time" step="60">

事象

flatpickr version: 4.5.2

flatpickr 最強じゃんイエーイからの、スマホで time 入力しようとしたら enableSeconds: false を何度コンフィグしても、秒（もはやミリ秒まで）も入力させられる。そもそも enableSeconds はデフォルトで false なのに。

原因

ソースみたら setupMobile() 内で self.mobileInput.step = self.input.getAttribute("step") || "any"; してて全く enableSeconds なんか一切見てない。 step 設定してないと無理やり any られるってのがわかる。

      function setupMobile() {
        var inputType = self.config.enableTime ? self.config.noCalendar ? "time" : "datetime-local" : "date";
        self.mobileInput = createElement("input", self.input.className + " flatpickr-mobile");
        self.mobileInput.step = self.input.getAttribute("step") || "any";

解決

self.input.getAttribute("step") って書いてるので、 input に step を好きなように追加してやりゃおｋ。 input time の step は秒単位らしいから、分だけでいいなら step="60" しとく。

<input type="time" step="60">