cocos2d-x 3.0 の rc0 では、広告ADを表示するときなど、cocos2d で描画している領域に Android の View を重ねる場合は popupWindow を使う必要がありました。(以下参照)
cocos2d-x 3.0beta2(Android)で広告ADを導入してみる(NativeActivityでJava用パーツを使う)。AdStir編
ですが、cocos2d-x 3.0 の rc1 は、popupWindowを使わずとも addContentView で重ねることが可能になっています。
rc0 では org.cocos2dx.lib.Cocos2dxActivity が NativeActivity を extends していましたが、rc1 では 2系と同様、Activity を extends するように戻されたためです。