必要そうな依存関係インストール（EmscriptenでOpenCV使ったことあれば入ってるはず）

compiler

$ sudo apt-get install build-essential

必須

$ sudo apt-get install cmake git libgtk2.0-dev pkg-config libavcodec-dev libavformat-dev libswscale-dev

オプション

$ sudo apt-get install python-dev python-numpy libtbb2 libtbb-dev libjpeg-dev libpng-dev libtiff-dev libjasper-dev libdc1394-22-dev

ソースダウンロード（拡張も好みで入れる）

$ wget https://github.com/opencv/opencv/archive/3.4.1.tar.gz
$ wget -O cont_3.4.1.tar.gz https://github.com/opencv/opencv_contrib/archive/3.4.1.tar.gz

解凍

$ tar -zxvf 3.4.1.tar.gz
$ tar -zxvf cont_3.4.1.tar.gz

移動

$ cd opencv-3.4.1

ビルド用ディレクトリの作成

$ mkdir build

移動

$ cd build

インストールしたい仮想環境に入っとく

source activate 環境

CUDA連携用設定もちろんGPU対応数学ライブラリもONにしとく

$ cmake -D CMAKE_BUILD_TYPE=RELEASE \
-D CMAKE_INSTALL_PREFIX=$(python -c "import sys; print(sys.prefix)") \
-D PYTHON3_EXECUTABLE=$(which python) \
-D PYTHON3_INCLUDE_DIR=$(python -c "from distutils.sysconfig import get_python_inc; print(get_python_inc())") \
-D INSTALL_C_EXAMPLES=OFF \
-D INSTALL_PYTHON_EXAMPLES=ON \
-D WITH_CUDA=ON \
-D ENABLE_FAST_MATH=ON \
-D CUDA_FAST_MATH=ON \
-D WITH_CUBLAS=1 \
-D OPENCV_EXTRA_MODULES_PATH="../../opencv_contrib-3.4.1/modules" \
-D PYTHON3_PACKAGES_PATH=$(python -c "from distutils.sysconfig import get_python_lib; print(get_python_lib())") ..

仮想環境用の設定忘れてビルドしなおしたやつが居るとか（私です）

make

$ make -j $(nproc)

インストール

$ sudo make install

これでOK。
一応確認

$ python

import cv2
print(cv2.getBuildInformation())

こんな感じで出ればOK

余談
結構ディスク食うので、EBSは大きめの方がいい

参考
http://dlrecord.hatenablog.com/entry/2017/12/15/145356
https://www.pyimagesearch.com/2016/07/11/compiling-opencv-with-cuda-support/
https://dev.widemeadows.de/2017/08/23/building-opencv-for-anaconda-python-3/