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Apache2で動作させる事前提としています。
そして、今回はバージョンアップする場合の手順

sudo su
cd /usr/local/src/
git clone git://github.com/FooBarWidget/passenger.git
cd passenger/
gem build passenger.gemspec
gem install passenger-4.0.0.rc6.gem
passenger-install-apache2-module

soファイルの出力先が表示されますので、控えておく事

/usr/local/lib/ruby/gems/2.0.0/gems/passenger-4.0.0.rc6/libout/apache2/mod_passenger.so

/etc/httpd/conf.d/passenger.conf
# Passengerの基本設定。
# passenger-install-apache2-module --snippet を実行して表示される設定を使用。
# 環境によって設定値が異なりますので以下の3行はそのまま転記しないでください。
#
# ↓ここでsoファイルのパスを記述
LoadModule passenger_module /usr/local/lib/ruby/gems/2.0.0/gems/passenger-4.0.0.rc6/libout/apache2/mod_passenger.so
PassengerRoot /usr/local/lib/ruby/gems/2.0.0/gems/passenger-4.0.0.rc6
PassengerRuby /usr/bin/ruby

# Passengerが追加するHTTPヘッダを削除するための設定(任意)。
#
Header always unset "X-Powered-By"
Header always unset "X-Rack-Cache"
Header always unset "X-Content-Digest"
Header always unset "X-Runtime"

# 必要に応じてPassengerのチューニングのための設定を追加(任意)。
# 詳しくはPhusion Passenger users guide(http://www.modrails.com/documentation/Users%20guide%20Apache.html)をご覧ください。
PassengerMaxPoolSize 20
PassengerMaxInstancesPerApp 4
PassengerPoolIdleTime 3600
PassengerUseGlobalQueue on
PassengerHighPerformance on
PassengerStatThrottleRate 10
PassengerSpawnMethod smart
RailsAppSpawnerIdleTime 86400
RailsFrameworkSpawnerIdleTime 0

httpd再起動

/etc/rc.d/init.d/httpd restart

バージョンアップって大変ですね><

参考

http://d.hatena.ne.jp/akishin999/20130224/1361716958