Azure Virtual Machinesの拡張機能でAntimalwareを有効にしたあとにスケジュールスキャン設定を変更する方法です。
OS上の実体はWindows Defenderが動作しています。

拡張機能インストール

拡張機能から「Microsoft Antimalware」を選択します。ここはVM作成と同時にインストールしてもよいです。
色々設定入れれますが、とりあえずここはデフォルトのままでいきます。
拡張機能がインストールされればOKです。

現在の設定を確認する

Cloud Shell(Bash)を起動します。
Azure Cloud ShellのBashのクイックスタート
以下コマンドを実行します。

$ az vm extension show --name "IaaSAntimalware" --resource-group [Your Resource Group] --vm-name [Your VM Name]

抜粋してますが、結果が以下のようにJSONで返ってきます。

・・・
  "settings": {
    "AntimalwareEnabled": true,
    "Exclusions": {
      "Extensions": "",
      "Paths": "",
      "Processes": ""
    },
    "RealtimeProtectionEnabled": "true",
    "ScheduledScanSettings": {
      "day": "7",
      "isEnabled": "false",
      "scanType": "Quick",
      "time": "120"
    }
・・・

ScheduledScanSettingsのisEnabledがfalseになっているので、スケジュールスキャンが無効になっていることが分かります。

設定を変更する

今回は「クイックスキャンを毎日AM4:00に実行する」という定義に変えてみます。

設定ファイルをJSONで作成します。

$ cd clouddrive
$ mkdir antimalware
$ cd antimalware
$ vi settings.json

以下の設定を記述します。

{
        "AntimalwareEnabled": true,
        "Exclusions": {
                "Extensions": "",
                "Paths": "",
                "Processes": ""
        },
        "RealtimeProtectionEnabled": "true",
        "ScheduledScanSettings": {
                "day": "0",
                "isEnabled": "true",
                "scanType": "Quick",
                "time": "240"
        }
}

dayの数値は、0～7までで、毎日/日曜日～土曜日の順に数値で指定します。
timeは0時を起点に何分プラスするかで計算します。240だとAM4:00になります。

作成した設定ファイルを指定してコマンドを実行します。

$ az vm extension set --name "IaaSAntimalware" --publisher "Microsoft.Azure.Security" --resource-group [Your Resource Group] --vm-name [Your VM Name] --settings settings.json

補足：タスクスケジューラーにスキャンタスクが存在しない？

Windowsタスクスケジューラーに「Windows Defender Scheduled Scan」タスクが存在しない場合は、「IaaSAntimalware拡張機能が有効になっているが、スケジュールスキャンが無効になっている」場合が考えられるので、拡張機能の設定を確認してみてください。