brewでrbenvのバージョンをupdateしようとした時に、気になるWarningが出ていたので、brew doctorを実行し、Homebrewの点検を行った。この時に出ていたWarningそれぞれの対応記録を残しておく。

Warning: Some installed formulae are deprecated or disabled.

非推奨、又は無効になっているライブラリの指摘です。

$ brew doctor
Please note that these warnings are just used to help the Homebrew maintainers
with debugging if you file an issue. If everything you use Homebrew for is
working fine: please don't worry or file an issue; just ignore this. Thanks!

Warning: Some installed formulae are deprecated or disabled.
You should find replacements for the following formulae:
  mysql@5.6

不要である場合は削除してしまいましょう。

$ brew uninstall mysql@5.6

Warning: No developer tools installed.

こちら結論、指示通りxcode-selectをインストールすれば解決する。（環境によっては結構時間かかるかもです）

Warning: No developer tools installed.
Install the Command Line Tools:
  xcode-select --install

参考：brew upgrade でのエラー対処からCommand Line Toolsについてまとめてみる

Warning: You have unlinked kegs in your Cellar.

シンボリックリンク切れを教えてくれています。

Warning: You have unlinked kegs in your Cellar.
Leaving kegs unlinked can lead to build-trouble and cause formulae that depend on
those kegs to fail to run properly once built. Run `brew link` on these:
  gettext

シンボリックリンク作成で解決するがここでエラーが出た場合、別途対応が必要。

$ brew link gettext
Linking /usr/local/Cellar/gettext/0.20.1... 181 symlinks created.

Warning: Broken symlinks were found. Remove them with 'brew cleanup'

壊れたシンボリックリンクをbrew cleanupコマンドで綺麗にしてね、と言う内容です。

Warning: Broken symlinks were found. Remove them with `brew cleanup`:
  /usr/local/bin/notary
  /usr/local/share/man/man1/brew-cask.1
  /usr/local/share/zsh/site-functions/_brew_cask

指示通りコマンドを打てばOKです。

$ brew cleanup

Your system is ready to brew.

全て解消できれば、気分もスッキリですね。

$ brew doctor
Your system is ready to brew.