VCC で「Create Backup」すると、プロジェクトのzip ファイルとしてバックアップされる。

その保存先は、%LocalAppData%\VRChatCreatorCompanion\Project Backups フォルダ（ユーザーのローカルアプリデータ内）
*LocalAppData:user/（ユーザー名）/AppData/Local

また、VCC の設定画面（Settings → General タブあたり）でバックアップ先を変更できる（”Backups”設定）ともドキュメントに書いてある。

%LocalAppData%\VRChatCreatorCompanion\Project Backups フォルダを開く

復元したいバックアップの .zip ファイルを探す

その .zip を任意の場所に展開（Extract）する

VCC に戻って、「Add existing project（既存プロジェクトを追加）」を使って展開したフォルダをプロジェクト一覧に登録する

バックアップは確かに取れてるけどシーンは保存されていない？
解凍時にmetaタグが長すぎて解凍できない？みたいなメッセージが出てスキップしたからそこが原因かもしれない