バックアップファイルを作成・比較する際にどうしても邪魔になるThumbs.dbファイルですが、
WinMergeのフィルタファイルに追記すれば比較対象から除外することができます。

WinMergeを起動すると「フィルタ」には初期値で「.」が設定されていますが、
右側「選択」ボタンをクリックして適用するフィルタの選択画面に移ります。

するとファイルフィルタウィンドウが開くので、
「新規」ボタンでフィルタを新規作成します。

デフォルトで'Frontpage.flt'というファイルが開くので、
このファイルに追記していくと早いでしょう。

## : コメント
def : 対象の扱い　通常の感覚と逆転しています、注意!!
　def : include でフィルタに記入されたファイル・ディレクトリを比較対象から除く、
　def : excludeでフィルタに記入されたファイル・ディレクトリ以外を比較対象から除く
d : 対象ディレクトリのパターンを指定(正規表現)
f : 対象ファイルのパターンを指定(正規表現)

例えば対象ファイル・ディレクトリの除外は下記のように書きます。

Frontpage.flt

#####################################################
### Additional Settings

f: Thumbs.db ## Thumbs.dbを除外
f: \.DS_store ## .DS_storeを除外
d: sass ## /sass/ディレクトリを除外

ファイルを編集・保存したら先ほどのフィルタ選択画面から
「インストール」で編集したファイルを選択し「OK」をクリック。

あとはWinMergeを再起動し、設定が正しく反映されているか、
ディレクトリ比較をして確かめてみましょう!

参考サイト

WinMerge のファイルフィルタ