グラフのフォントを変更し、出力PDFに埋め込むための設定(matplotlib, ggplot2)

Rやpythonで作図したグラフを論文で使用する際に、フォント周りで苦労しないように設定方法をメモしておく。

Python matplotlib 3.3.4

スタイルシートmatplotlibrcに以下の設定を加える

.matplotlibrc}

font.family : sans-serif
font.sans-serif : Helvetica #(or your favorite)
pdf.fonttype : 42
# 同様にrcParamsを変更すれば自分のデフォルトテーマを設定可能

matplotlibの初期フォント設定は、"DejaVu Serif"でType 3のフォント形式となっている。フォントの形式の詳細に関しては勉強不足なので割愛。

スタイルシートの書き方は下記参考：
https://note.nkmk.me/python-matplotlib-matplotlibrc-stylesheet/

R ggplot2 3.3.3

themeのbase_familyで指定する。
Rが起動する時に読み込まれる.Rprofileに好きなthemeを定義し、theme_set()で設定しておくと楽。

.Rprofile}

# dplyrのselectやfilterがマスクされないように後からtidyverseを読み込む
options(defaultPackages = c(getOption('defaultPackages'), "MASS", 'tidyverse'))

# 無いとtheme_setが見つからないとエラーが出た
library(ggplot2)

# マイテーマの記述　フォント以外の設定もお好みで
my_theme <- function(TXTSIZE = 24, LEDSIZE = 18, LINEWIDTH = 2) {
  theme_bw(base_family="Helvetica") + theme(
  axis.text=element_text(color="black",size= TXTSIZE),
  panel.border = element_rect(color = "black", fill = NA, size = LINEWIDTH),
  legend.text = element_text(size= LEDSIZE)
  # ...
  )
}

# マイテーマの設定
theme_set(my_theme())

Rprofileの書き方は下記参考：
https://stats.biopapyrus.jp/r/devel/rprofile.html