GATKやsamtoolsなどを用いて検出したバリアントについて，どの遺伝子に影響があるのかを調べるためには，アノテーションをつける必要がある。snpEffを用いると，アノテーションとバリアントの効果を予測することができる。snpEffの使いかたについて，簡単に備忘録としてまとめる。
snpEffについて詳しい情報は以下を参照。
また，日本語だと，以下の上坂一馬さん(id:kazumaxneo)のサイトが詳しい。(ただし，カスタムアノテーションについては，configファイルを書き換える方法もあるので，特にその部分については私が書いたカスタムアノテーションの項目についても参照してほしい)
使用環境等
MacOSで，snpEffは以下にようにcondaでインストールした。
$ mamba install -c bioconda -y snpeff
$ snpEff -h
SnpEff version SnpEff 5.2 (build 2023-09-29 06:17), by Pablo Cingolani
Usage: snpEff [command] [options] [files]
アノテーション
基本的な使用方法は以下の通り。
（１） データベースのダウンロード
まず，用いる生物種のデータベースがあるか確認する。
$ snpEff databases
上記のコマンドだと，データベースにあるものが全部表示されるので，以下のように見つけたい生物種で絞り込む。(ここでは，Aspergillus oryzaeを対象とする)
$ snpEff databases | grep -i Aspergillus
用いる生物種のデータベースが見つからない場合は，以下のカスタムアノテーションに進む。
用いる生物種のデータベースが見つかった場合は，以下のようにデータベースをダウンロードする。
$ snpEff download -v Aspergillus_oryzae
（２）アノテーションの実行
以下のように，実行する。(variant.vcfはアノテーションをつけたいファイル，annotation.vcfはアウトプットファイルの名前)
$ snpEff -v -stats result.html Aspergillus_oryzae variant.vcf > annotation.vcf
カスタムアノテーション
データベースに目的の生物種，もしくはアノテーションデータがない場合には，自身で登録したファイルも使用可能。bed，gtfファイルなどが使用できるが，ここではgffファイル(gff3)を用いる方法を紹介する。
（１）ファイルの準備
ゲノムのリファレンス配列(fastaファイル: .faの拡張子にする)とアノテーションファイル(gff3形式のファイル: .gffの拡張子にする)を用意する。ここでは，RIB40という株についてアノテーションをつけることにする。公式ではgz圧縮した例が紹介されているが，非圧縮ファイルでも作業内容は同様。
（２）ファイルのbuild
snpEffのインストールディレクトリにまず移動する。condaで導入した場合には以下のような感じ。
$ cd /Users/Username/mambaforge/share/snpeff-5.2-0
このディレクトリにある，snpEff.configファイルに，ゲノムの情報を追加する。例えば以下のような感じ。(上一行はなんでも良い気がするが，よくわからない)
\# RIB40 genome, version RIB40
RIB40.genome : RIB40
/snpeff-5.2-0/data/ディレクトリに移動。新しいディレクトリを作成する。この時，名前はアノテーションをつける株の名前にしておく。(つまり，"RIB40"という名前のフォルダを作る)
/snpeff-5.2-0/data/RIB40/に移動し，gffファイルを置く。ファイル名はgenes.gffにする。
さらに，fastaファイル(RIB40.fa)をsequences.faに名前を変えて置く。
(fastaファイルは，/snpeff-5.2-0/data/にgenomes/というディレクトリを作り，その中にRIB40.faとしてファイルを置いても良い)
/snpeff-5.2-0/に移動し，以下のコマンドを打つ。
$ snpEff build -gff3 -noCheckCds -noCheckProtein -v RIB40
-v オプションで株名(データベース名)を指定する。また，今回はgff3形式ファイルを用いたので，-gff3 オプションで指定する(他のファイル形式は公式サイトを参照)。
他のサイトには詳しく述べられていないが，ここで"-noCheckCds"と"-noCheckProtein"オプションを入れることが重要。CDSとProteinの情報を入れていない場合にはerrorが起きてbuildが実行できないので，必ずこのオプションを入れること。
うまくbuildできれば，/data/RIB40/ディレクトリに.binファイルが作られているはず。
（３）アノテーション
アノテーションは，データベースをダウンロードした場合も，カスタムアノテーションも同じ。
$ snpEff -v -stats result.html RIB40 variant.vcf > annotation.vcf