MySQL5.6でテンポラリテーブルを作る場合は、MyISAM指定で作ると速くなります。
以下は原因の推測です。
恐らく、MySQL5.5からデフォルトDBがMyISAMからinnodbに変わったのが原因のように思います。
テンポラリテーブルはMEMORYテーブルとして作成され、テンポラリテーブルのサイズ上限を超えるとMyISAMに自動変換される仕様にはなっていますが、ここが実はデフォルトDBなんじゃないかと思っています。
なので、MEMORYテーブルの内部構造はMyISAMで5.1以下時代は作られていたが、
5.5以上だとMEMORYテーブルの内部構造がinnodbになっていて、
これをメモリに乗せようとすることで、処理にやたらと時間がかかるようになってしまったのではないでしょうか。