レアケースな気もしますが同じように困る方もいらっしゃるかもしれないので共有をば。
そもそもRefundできるのか
結論から言うと「Refund の処理はできるが、Pendingとなり残高がPositiveになるまで実際の返金処理は行われない」です。
次のサポートページにはこう書かれています。
https://support.stripe.com/questions/pending-refunds-due-to-insufficient-funds-or-stripe-balance
In the event you issue a refund to a customer that results in a negative Stripe balance, the refund will show as “pending.” The refund will not be sent to your customer until your balance is repaid and brought back into the positive and the full refund amount is available (either from new charges that increase the balance on your account, or from a wire transfer to Stripe).
なので Refund という処理自体は実行できるが、実際にユーザに返金はされずPendingのステータスになるだけというわけですね。
どうやって解消するのか
まず日本では連携している銀行口座から自動で引き落としとかはしてくれません。
https://support.stripe.com/questions/negative-balances-in-stripe-handling-by-country
なのでできることと言うと一つに売り上げが上がるのを待つことです。
Pendingのステータスはいつまで待ってくれるのかは分かりませんが、Stripe的には実際には払い戻していないのでいつまでも待ってくれそうな気はします。あとは自演で支払ってもいいかもしれません(手数料の3.6%が失われますが)(でもこの状況発生してRefundすぐやらなきゃいけない場合はこれするしかなさそう)
ただ、Stripeの使い方によっては定常的な売り上げが見込めない場合もあるかもしれません(イベント用に単発的に使った場合とか)。
なので、そういった場合はStripeのサポートに問い合わせて、請求書を発行してもらい口座振り込みをする必要があります。
お問い合わせはこちらからできます。
https://support.stripe.com/contact/email
日本法人あるみたいなので多分日本語でもOKです。
https://stripe.com/jp/support-and-services