fdiskでは2TB以上が扱えないので変わりにpartedコマンドを利用する。partedコマンドでMBRではなくGPTを利用すればよい。
ex) 3TBのディスクの場合
parted /dev/XXX
(parted) mklabel gpt
(parted) mkpart
Partition name? []?
File system type? [ext2]? ext4
Start? 1
End? 3001GB