Flutter(3.27.1)で作成したプロジェクトにFastlaneでアプリの配布を作成していました。
プロビジョニングを配布用のものにする必要があるので、いつもどおりupdate_project_provisioningを実行したのですが、変更が反映されない現象にであいハマりました。

今回作成したFlutterのプロジェクトのRunner.xcodeprojでは以下のようにプロビジョニングの指定が2箇所できるようになっていました。しかし、以下の図のAny iOS SDKの方が update_project_provisioning のコマンドで反映されていないのが原因でした。

xcodeprojのテキストとしては以下のような状態でした。

PROVISIONING_PROFILE = "ここは設定される";
"PROVISIONING_PROFILE[sdk=iphoneos*]" = "ここが設定されない";

以下にissueがありましたが、特にリアクションもなく自動クローズされているようなので、大きな問題ではないと思うのですが、正しい解決方法がいまいちよくわかりません。
https://github.com/fastlane/fastlane/issues/11895

とりあえず今回はAny iOS SDKの項目自体を削除して、ビルドできるようにしました。
Xcodeで新規にiOSアプリのプロジェクトを作成したところ、このように分かれていなかったため、特に問題ないと判断しました。

ただ、先々これが原因でなにか問題が起きたときに思い出せるようにこの記事を残しました。