その1

分かりやすい方法としては、対象のOSをエミュレーターで起動しアプリのすべての操作を実施して以下のようなログが表示されていないか確認する方法がある。
この方法であれば発生箇所がある程度予測できるし、非SDKを使用してはならないなどの要件にも対応しやすい。

Accessing hidden field Landroid/os/Message;->flags:I (light greylist, JNI)

その2

veridex を使用した方法もあります。
veridexをダウンロードし、以下のコマンドを実行するとgraylistな関数などの利用場所や利用数を教えてくれます。

./appcompat.sh --dex-file=/path-from-root/your-app.apk