ここ最近2回このエラーに悩まされました。
バージョンは3.1.3/3.1.4です。
ぐぐったところ、どうやらいろいろな原因があるっぽいです。
とりあえず今回復旧した時にやったことは次のような感じ。
最終的にAndroidStudio > Check for update でAndroid Studioを3.1.3→3.1.4にして、レコメンドされるSDKのバージョンアップを行って(←たぶんこれが大事)、Android Studioの再起動で解決しました。
ちなみにこのエラーが出ているときも./gradlew assembleDebug でのビルドはできるので、AndroidStudio依存の問題であろうとは思うのですが。。。