こちらがとても参考になります

vagrantを立ち上げる時に、centosとvagrant-vbguestを使った環境だとなるようです。
下記のエラーのようにkernel-develがインストールできていなくエラーになりました。

yum install kernel-devel-2.6.32-504.el6.x86_64

Building the main Guest Additions module                   [失敗]

vagrant ssh
コマンドでvagrantにログインして/usr/src/kernels/を見てみると何も無く、
本来なら2.6.32-504.el6.x86_64というkernel-develがあるはずです。

解決方法はいくつかあるようですが、僕は自分でkernel-develを入れる方法で行きました。
まず、kernel-devel-2.6.32-504.el6.x86_64でググりDLできるサイトを探してアドレスをコピー。
sudo yum install (ここにコピーしたアドレス)
自分の場合は、
sudo yum install http://vault.centos.org/6.4/cr/x86_64/Packages/kernel-devel-2.6.32-504.el6.x86_64.rpm
でした。
これで、/usr/src/kernels/2.6.32-504.el6.x86_64にインストールされると思います。
その後にsudo /etc/init.d/vboxadd setupコマンドを実行すれば、
Building the main Guest Additions module [ OK ]となると思います。