単純にdiffでバイナリファイル比較を試みると以下のようになる

$ diff binA binB
バイナリーファイルは異なります

簡単な比較なら、cmpコマンドを使ってもいいが

$ cmp binA binB
異なります: バイト 9、行 1

バイナリ形式だが中身にテキストライクな表現が含まれるなら、
以下を使ってもいいかもしれない

$ diff --text -u binA binB | less

$ vimdiff binA binB
(差分が表示される)

備考

他にもっといい方法が絶対ある

参考