ググっても情報が見つからなかったので調べました。
同じような人の助けになれば。

こんな感じでhttpd.confの Directory 内で SetEnv を使って環境変数を設定します。

httpd.conf

<VirtualHost *:80>
  DocumentRoot /var/www/sample.jp/
  ServerName sample.jp.internal

  <Directory "/var/www/sample.jp/aaaaa">
    SetEnv TEST_ENV aaaaa
  </Directory>
  <Directory "/var/www/sample.jp/aaaaa/bbbbb/ccccc">
    SetEnv TEST_ENV ccccc
  </Directory>
</VirtualHost>

で下記のPHPを各階層に置いて出力を見てみます。

echo_env.php

<?php
echo $_SERVER['TEST_ENV'];

結果は以下の通りです。
/aaaaa/bbbbb/ccccc と /aaaaa にそれぞれ.htaccessを置いてSetEnvする場合と同じ挙動となりました。

https://sample.jp.internal/aaaaa/echo_env.php
# aaaaa

https://sample.jp.internal/aaaaa/bbbbb/echo_env.php
# aaaaa

https://sample.jp.internal/aaaaa/ccccc/echo_env.php
# ccccc

https://sample.jp.internal/aaaaa/ddddd/echo_env.php
# aaaaa