要は、数値をこうやって(↓)出力したいってことです。
sprintf関数を使って何とかできないか、ググったり試行錯誤しましたが、（ニーズはあるはずやのに）なかなかしっくりくる答えは見つからず・・・

入力件数      ：  12,000件
エラー件数    ：   1,000件
スキップ件数  ：     200件
出力件数      ：  10,800件

が、そのうちひらめきました。
Max百万台を表示する例です。

echo "入力件数      ：" . sprintf("%9s", number_format($cnt_inrec, 0)) . "件";

sprintfで文字列フォーマット指定するのがミソでしょうか。
Smartyで対応する場合は、左から右にオプションが評価されるので、次のようになります。

入力件数      ：{$cnt_inrec|number_format|string_format:"%9s"}件