JupyterでRの環境を整える（Mac OS X）

以前の記事（Rをノートブック形式で利用する）で取り上げた，jupyterでRを使用するための環境構築の手順を，新規インストールが必要になった場合などの自分用の備忘録として記載しておきます。

jupyterのインストール

自分の環境では，pythonのモジュールはpipをしているので，jupyterは次の手順でインストールします。jupyterのサイトにある手順にそってjupyterをインストールします。今は3.x系をメインに使用しているので，3.x系python用にインストールします。

pip3 install jupyter

もし，すでにipython（jupyterの旧名称）がインストールされている場合，このままではうまく動かないことがあります。その場合には，

pip3 install -U jupyter

として，ipythonをjupyterに更新します。

Rの設定

Rのダウンロードとインストール

当然ですが，Rをインストールする必要があります。R ProjectのページからRのディスクイメージをダウンロードしてきてインストールします。

パッケージのインストール

Rのインストールが終わったら，IRkernelのページにある手順に従い，必要なパッケージをインストールします。

（R.appではなく）ターミナルで Rを起動し（つまりターミナルのコマンドプロンプトにrと入力して起動する），利用するレポジトリを設定した上で，パッケージをダウンロードしてインストールします。

options(repos="https://cran.ism.ac.jp")
install.packages(c('rzmq','repr','IRkernel','IRdisplay'),
  repos = c('http://irkernel.github.io/', getOption('repos')))

Rカーネルのインストール

パッケージのインストールが終わったら，最後にRのコマンドラインで以下を実行します。

IRkernel::installspec()

上記を実行して，

[InstallKernelSpec] Installed kernelspec ir in /Users/***/Library/Jupyter/kernels/ir

のように表示されたらRをquit()で終了します。

Jupyterの起動

jupyterを起動するには，ターミナルでjupyter用のホームにしたいディレクトリに移動し，

jupyter notebook

とするだけです。
これで，ホーム画面から「new」を選択してノートを作成する際に「python3」と「R」を選択できるようになっているはずです。