[Biopython]GenBank形式ファイルの一部を切り出す

動機

GenBank形式ファイルからある遺伝子の部分だけを切り出したかったのだが、Biopythonでできることに気付いた。

crop_genbank.py

Requirements

• Biopython

Usage

$ ./crop_genbank.py
usage: crop_genbank.py [-h] -i INPUT --output FILE -s START -e END

Crop genbank file.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i INPUT, --input INPUT
                        Genbank/DDBJ flatfile (required)
  --output FILE, -o FILE, --out FILE, --output FILE
                        output Genbank file
  -s START, --start START
                        start position
  -e END, --end END     end position

$ ./crop_genbank.py -i NC_003225.3.gb -s 199621 -e 230880 -o NC_003225_199621-230880.gb

• 単一エントリにしか対応していない今後修正する
• メタデータが消失するので今後修正する
• 始点または終点に被ったfeatureは消失する