GitLab-ci.ymlファイルにて、手動の実行対象となっているいずれかのjobのallow_failureキーワードがfalseになっているにも関わらず、未だ実行がされていないためマージがブロックされていると考えられる。

具体的には、以下のようにwhen: manualが有効になっているにも関わらず、allow_failure: falseとしている事が原因と考えられる。

deploy:
  stage: deploy
  script:
      - somescript
  when: manual
  allow_failure: false

allow_failure: falseを消す。
allow_failureのデフォルト値は元々falseだが、今回のようにwhen: manualを設定している場合は、rules:構文を使っている場合を除いてtrueとなる。

そのため、allow_failure: falseを消しさえすれば、true扱いとなり、CI上で失敗・未実行が許容されるようになるので、未実行でもマージできる。