Amazon Linux 上の tomcat で動く Java プロセスから R を動かす

意外とまとまった内容がなくはまったのでメモ

概要

Java/R Interface 自体の説明は公式を参照 https://www.rforge.net/JRI/

Javaのインストール

通常通りJavaをインストールしてPATHを通すだけなので省略。

Rインストール

yumでもたぶんOKだが、古いバージョンを入れたかったので自分でmakeした。

wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.2.0.tar.gz
tar zxvf R-3.2.0.tar.gz
cd R-3.2.0
./configure --with-x=no && make && sudo make install

rJavaパッケージを入れる

sudo R CMD javareconf ## RにJavaの環境情報を自動で設定する
sudo R ## Rの対話シェルが起動する
[R console] > install.packages('rJava') ## localインストールで良いか聞かれるので yes
[R console] > system.file("jri",package="rJava") ## (1) rJavaの場所

環境変数を設定する

R RHOME ## (2) Rの場所。which R と結果が違うがこっちが正しい。
vi ~/.bash_profile

## bash_profileに適当に追加
LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/R/library/rJava/jri/:/usr/local/lib64/R/lib/ ## (1)
export LD_LIBRARY_PATH
R_HOME=/usr/local/lib64/R ## (2)
export R_HOME

source ~/.bash_profile

お好みの方法でサーバーを起動すれば、正しくRがJavaに認識されるはず。