Issue では、とりあえずカスタム CSS で対処できるということで close です。サマリとして対処方法を Issue にも追記しておきました。
The indicator on the markdown preview is not visible when the dark theme and the background is white #19962

タイトルが長い。。。
VS Code 1.9 では Markdown エディタとプレビューのスクロールがシンクする機能が追加され、とても便利になりました。

プレビュー側では、マウスカーソルを適当な部分に重ねると、行の先頭に灰色の縦ラインが表示され、それがインジケータとしてエディタ側のカーソル位置と連動し、プレビュー側でダブルクリックすることでエディタ側の該当箇所にカーソルが移動したりします。

とても便利です。

でも、settings.json の markdown.styles を利用し、独自のプレビュースタイルを実現するべくCSS を設定している場合、background-color を white などだとインジケータが見えなくなってしまいます。

こんな感じで、github.com なんかをまねて背景を白に文字を黒にしている場合です:

/* 背景を白に */
body {
	background-color: white;
}

/* 文字を黒っぽく */
.vscode-dark {
	color: rgb(30, 30, 30);
}

見えない。表示されているはずだけど見えない。

インジケータに利用される CSS

インジケータの色は CSS で実現されているので、これを変更してしまえばいいんじゃないかなっと。
プレビュー側のインジケータの配色に利用される CSS の class は、標準テーマ別に全部で 3 つ用意されていました。

標準のテーマ:

.vscode-light: Light, Light+ など
.vscode-dark: Dark, Dark+, Kimbie Dark など
.vscode-high-contrast: High Contrast

標準テーマ用の CSS:

https://github.com/Microsoft/vscode/blob/master/extensions/markdown/media/markdown.css


/*  Light, Light+ など */
.vscode-light.showEditorSelection .code-active-line:before {
	border-left: 3px solid rgba(0, 0, 0, 0.15);
}

.vscode-light.showEditorSelection .code-line:hover:before {
	border-left: 3px solid rgba(0, 0, 0, 0.40);
}

/* Dark, Dark+, Kimbie Dark など */
.vscode-dark.showEditorSelection .code-active-line:before {
	border-left: 3px solid rgba(255, 255, 255, 0.4);
}

.vscode-dark.showEditorSelection .code-line:hover:before {
	border-left: 3px solid rgba(255, 255, 255, 0.60);
}

/* High Contrast */
.vscode-high-contrast.showEditorSelection .code-active-line:before {
	border-left: 3px solid rgba(255, 160, 0, 0.7);
}

.vscode-high-contrast.showEditorSelection .code-line:hover:before {
	border-left: 3px solid rgba(255, 160, 0, 1);
}

配色については、

.code-active-line:before は、 Markdown Editor 側でカーソルが置かれている位置を示す色
.code-line:hover:before は、マウスカーソルが重なった時の利用されるインジケータの色

となっていました。

個時的には、標準テーマの Dark+ を使っているのですが、なるほどなるほどこれだと background-color を white にしちゃうと見えなくなってしまいますね。

テーマを無視して色を設定する

あとは、標準テーマを使っているなら、上記の CSS を markdown.styles で指定する CSS ファイルにコピーして、好きな色に変更しても良いかと思いますし、下記のように全部のテーマに適用するようなやり方でも良いかと思います。

[class*="vscode-"].showEditorSelection .code-active-line:before {
	border-left: 3px solid rgba(0, 0, 255, 1);
}

[class*="vscode-"].showEditorSelection .code-line:hover:before {
	border-left: 3px solid rgba(255, 0, 0, 1);
}

上記の配色は、分かり易くするために Markdown Editor 側でカーソルが置かれている位置を青で、プレビュー側でマウスカーソルが重なった時に表示されるインジケータの色を赤にしてみました。

表示されるようになりました。
やったね