データベースクライアントはSequel AceとWorkbenchを使っているのですが、Workbenchで便利だと思った機能を紹介します。
内容に出てくるショートカットはMac用です。

SQLを整形する

ツールバーの箒のマークをクリックするとSQLを自動整形できます。Cmd+B(Beautify)でもOK。

特殊文字の可視化

ツールバーの右から2番目のボタンで空白・改行・タブなどを可視化できます。

ツールバー一番右のボタンで長いクエリを折り返しできます。

よく実行するSQLは星のマークからスニペットとして登録しておけます。登録したスニペットは右側メニューから再利用できるようになります。

複数のSQLの実行結果を比較したい時、エディタ下部で赤いピンをクリックすると、別のSQLを実行した時に結果が上書きされなくなります。

テーブル定義からINSERT,UPDATE,DELETE文を自動生成できます。
左サイドバーのSchemaからテーブル名を右クリック > Copy to Clipboard から選択できます。

MySQLのコマンドラインで;の代わりに\Gをつけると縦表示にできますが、それをWorkbenchでもできます。
SQLをCmd + option + Enterで実行すると縦に出力されます。カラム数が多いテーブルに便利です。

Explainの結果を図でグラフィカルに表示できます。

左サイドバー Administrationのタブ > Status and System Varibalesから確認できます。Show variables like ...をやらなくて良いので気に入っている

画面右上のアイコンからサイドバーなどを非表示にするとクエリエディタを広く使えるようになります。