準備

import pandas as pd
import dask.dataframe as dd
from pandasql import sqldf
import sqlite3

Data1 <- dd.read_csv( "パス/ファイル名" )
Data2 <- dd.read_csv( "パス/ファイル名" )

Data1とData2を横結合する

pandasql sqldf

query = """
  select A.変数1 , A.変数2 , B.変数1 , ...
  from Data1 as A
  left join Data2 as B
  結合条件on A.キー変数1 = B.キー変数1 and A.キー変数2 = B.キー変数2 ...
  order by A.変数1 , A.変数2 , ...;
"""
Data = sqldf( query , locals() )

left joinをinner joinに変えれば、左結合から内部結合へ修正可能
right joinやfull joinにするとエラーが出た
Rのsqldfと同様、left joinとinner joinだけなのかも...

SQLite3 read_sql_query

conn = sqlite3.connect( "" )
# db残したいor既存のを使用するなら"パス/db名.db"と指定

# data.frameをSQL化(dbにすでに格納されているなら不要)
Data1.to_sql( "Data1_Sql" , conn )
Data2.to_sql( "Data2_Sql" , conn )

query = """
  select A.変数1 , A.変数2 , B.変数1 , ...
  from Data1_Sql as A
  left join Data2_Sql as B
  結合条件on A.キー変数1 = B.キー変数1 and A.キー変数2 = B.キー変数2 ...
  order by A.変数1 , A.変数2 , ...
"""
# ;なし
Data = pd.read_sql_query( sql = query , con = conn )

conn.close()

left joinをinner joinに変えれば、左結合から内部結合へ修正可能
また、こっちでもright joinやfull joinを使うと以下のエラーが出た
RIGHT and FULL OUTER JOINs are not currently supported

まぁrightは使わない気もするが
Rのsqldfやpythonのsqldf、read_sql_queryではfull joinは使えないようだ
ダミーデータ作ってleft joinするか、別のパッケージ使うしかないかな

daskやpandasによるmerge

DATA = dd.merge( Data1 , Data2 , on = [ "キー変数1" , "キー変数2" , ... ] , how = "left" )

# pandasならddをpdにする

こちらもhow = "left"をrightやinner,outerへ変更可能