テキストエディタを変えたらデフォルト設定がS-JISからUTF-8に変わりました。
世間では（おそらく）UTF-8の方が標準ではないかと思ったので、これを機にJavaをUTF-8に合わせようと思い調べたことの備忘録です
方法
環境変数 _JAVA_OPTIONSにエンコードしたい文字種別を設定する。
例
-Dfile.encoding=MS932
-Dfile.encoding=UTF-8
Windowsならsetコマンドでこの設定が可能です。
例
set _JAVA_OPTIONS=-Dfile.encoding=MS932
set _JAVA_OPTIONS=-Dfile.encoding=UTF-8
ただしこのsetコマンドは再起動すると消えてしまうので、半永久的に設定するなら環境変数に手動設定しておくのがよさそう。