ちょっとハマったのでメモ。
/var/www/example 以下に pyenv 環境が適用される状況
cd /var/www/example
pyenv local example
crontab を編集
/etc/crontab
BASE_DIR=/var/www/example
* * * * * user cd $BASE_DIR/myapp && /usr/local/pyenv/shims/python manage.py command
python のパスは which python
で調べる