コメントで教えていただきました。

こちらの方法で難読化してください。
https://flutter.dev/docs/deployment/obfuscate

@shinriyo さんありがとうございます！

### 上記の方法の注意点

どうやら--build-numberを指定する場合

$ flutter build ios --obfuscate --split-debug-info=<dir> --build-number=2

だと大量にエラーが出てしまいます。
なので

$ flutter build ios --build-number=2 --obfuscate --split-debug-info=<dir>

このように--build-number指定を先にしてあげたほうが良さそうです。
ここで数時間つまづきました...。

以下に以前のバージョンの情報は残しておきます。

以下の情報は古いです。

個人的メモです。

https://github.com/flutter/flutter/wiki/Obfuscating-Dart-Code
まずこのページをみると難読化の方法が書いてある。

が、build aotってどこや。

xcode_backend.shを開く。
で、だいたい180行目ぐらいのところにbuild aotが出てくる。ここや。
わからなければ、エディタかなんか使って検索する。
その一番下に追加する。

...
      ${local_engine_flag}                                                  \
      ${bitcode_flag}                                                       \
      ${extra_gen_snapshot_options_or_none}

こんな感じ。bitcode_flagの行の最後の\を忘れるとNo such file or directoryとかcommand not foundとか言われるので注意。

あと、extra_gen_snapshot_options_or_noneは変数なのでbuild aotの前に

...
local extra_gen_snapshot_options_or_none=""
if [[ -n "$EXTRA_GEN_SNAPSHOT_OPTIONS" ]]; then
  extra_gen_snapshot_options_or_none="--extra-gen-snapshot-options=$EXTRA_GEN_SNAPSHOT_OPTIONS"
fi

RunCommand "${FLUTTER_ROOT}/bin/flutter" --suppress-analytics           \
  ${verbose_flag}                                                       \
  build aot                                                             \
...

こちらをお忘れなく。

難読化後も読めるように

Release.xcconfigには

EXTRA_GEN_SNAPSHOT_OPTIONS=--obfuscate

だけでなく

EXTRA_GEN_SNAPSHOT_OPTIONS=--obfuscate,--save-obfuscation-map=build/ios_dart_symbols_${FLUTTER_BUILD_NUMBER}.json

と書く。

これはありがたい記事がこちらにあります。ありがとうございます。
https://qiita.com/waytoa/items/afea190f6bcbf97c1551

以上、個人的メモでした。