インストール等

brew tap brewsci/bio
brew install mafft
brew install raxml-ng
conda install -c bioconda trimal 
conda install -c bioconda modeltest-ng

Figtreeのインストール
Figtreeは系統樹ファイルの可視化と編集ができるソフトウェア
http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/

ちなみに
ETE toolkitでワークフローを簡略化しようと思ってやってみたけどinstall errorでete3を起動できない，python3.5以降だとだめっぽい，pipでもanacondaでもダメ
参照：https://qiita.com/aical/items/2231198d3d75e72bee39

まあ系統樹作るだけならそんなに手間じゃないのでいっか

配列を適当にとってくる

NCBIでrat, torafugu, medakaのsodium chanel voltage-gated alpha subunitを調べる
大体9-10個くらいの遺伝子がある，aaが違いそうなバリアントも含めてアミノ酸配列をとってくる
ついでに外群としてdrosphiaのsodium chanelをとってきた

前処理

mafftでアライメント
mafft --auto input.txt > align_res.aln

trimalでトリミング
trimal -in align_res.aln -out out_trimal.aln -htmlout out.html -automated1

モデルの選定
modeltest-ng -i out_trimal.aln -o test_res -T raxml -t ml -r 123413 -p 12 -d aa

☆オプション
-T　後解析で用いるsoftware（指定しなくても良い）
-t ml 最尤法
-r　random seed
-p thread数
-d nt/aa

                         Model         Score        Weight
----------------------------------------------------------
       BIC               LG+G4    37887.7915        0.5968
       AIC             LG+I+G4    37506.8821        0.8959
      AICc             LG+I+G4    37516.8821        0.8392

LG+I+G4がいいのかな？
本当はRAxMLで自動でモデルを推定してtree作成するPROTGAMMAAUTOがあるはずなのだが，今回はmodelTest-NGで最適モデルを推定してみた

MEGA10でモデル推定してたときより圧倒的に速い，100配列くらいいれても数分で終わる，神

いよいよRAxMLで系統樹を作る
raxml-ng --msa out_trimal.aln --all --model LG+I+G4 --bs-trees 100 --threads 16

すぐ終わる，速い，神
なんかいっぱいファイルが出来た
.phylip.raxml.supportをFigtreeで開く，node labelsにチェックを入れてlabelを選択するとbootstrap値が表示された系統樹を得ることができる

色を変えたり，進化距離を表すスケールバーを表示したり，rootを変えたり，枝を回転したり，etcできる

まあ形だけ決めて，後はイラレなどのやり慣れた編集ツールで手直しするのがいいらしい（伝聞）