例えばgithub.comとport forwardingで接続するgitサーバにそれぞれ異なる秘密鍵で接続する場合。
cygwinの場合は以下のように設定する
path_to_cygwin\home\username.ssh\config
ファイルを作成し、以下の内容を記載
Host github.com
HostName github.com
User git
IdentityFile ~/.ssh/name_of_the_private_key_file
Host localhost
HostName localhost
User git
IdentityFile /cygdrive/c/Users/username/.ssh/name_of_the_private_key_file