具体的には deviceready イベントが発火しなくなったので、テンプレート通りに初期化処理を入れているとコールされない。
Content Security Policy に gap://ready と file:を追加することで動作するようになる。
http://stackoverflow.com/questions/38410159/ より参考実装を引用させて貰うとこんな感じ。
index.html
<meta http-equiv="Content-Security-Policy" content="default-src * gap://ready file:; style-src 'self' 'unsafe-inline'; img-src 'self' data:; script-src * 'unsafe-inline' 'unsafe-eval'">
CSP いつも書き方が分からなくなり追加する場所をミスったりするので、実際に自分が追加した例もメモ程度に。
index.html
<meta http-equiv="Content-Security-Policy" content="default-src * 'unsafe-eval' 'unsafe-inline' gap://ready file:; style-src 'self' 'unsafe-inline'; media-src *; img-src * 'self' filesystem: data: blob:;" />
追記
テンプレートから作ると CSP 記述の下にコメントで
* gap: is required only on iOS (when using UIWebView) and is needed for JS->native communication
という記載があり、iOS 9 迄でこれ無しで動かしていた場合は gap: だけ追加することで動くこともある様子。