原因

このあたりが詳しいです。
http://nakamura001.hatenablog.com/entry/20120529/1338305696
https://www.slideshare.net/emasaka/ss-82692529
NFC/NFDの違いによるもので、やはりこの問題はMacを使っていると出てくることが多いみたいです。

今回した対応

nkfで変換できるようでした。なのでコピーする時にnkfを実行するように設定しました。

homebrewで入れます。

brew install nkf

Automatorを起動
新規作成 -> クイックアクション
以下の画像のようにワークフローを設定。

"シェルスクリプトを実行"の部分はbashにして以下のスクリプトを貼る。

/usr/local/bin/nkf -w --ic=UTF8-MAC

これで保存します。名前は各自好きなものでいいと思います。
私は今回単純にcopy_textとしました。

Macのシステム環境設定からキーボードの設定を開きます。
以下の画像のようにショートカット -> サービス -> テキストで先ほどAutomatorで作ったものを任意のショートカットに登録します。

これで無事にPDFからのテキストコピペがいい感じにできるようになりました。

こちらを参考に対処しました
https://qiita.com/takuyabe/items/ac13aa99306ad69743e7