Tomcatにて下記のようなエラーが発生している場合、
web.xmlで外部参照を利用している可能性があります。
java.io.FileNotFoundException: Could not resolve XML resource [null] with public ID [null], system ID (後略)
この場合web.xmlで外部参照を利用している可能性があります。
詳しくは下記ページをご覧ください。
ただ閉じた環境で利用するので別に外部参照してもいいよって場合、
context.xmlを以下のように書き換えます。
<Context>
<Context xmlBlockExternal="false">