Install
自分のマシンがMacのため，Macにdoxygenとgraphvizをインストールする例を．
$ brew install doxygen graphviz
$ which doxygen
$ which dot
doxygenをFortranソースディレクトリで実行
$ cd fortran-program-srcdir/
$ doxygen -g
$ emacs Doxyfile
Doxyfileの設定
# 解析したいプロジェクトの名前
PROJECT_NAME = "Your Project Name"
# 再帰的にソースコードのファイルを探索する
RECURSIVE = YES
# LaTeX で出力しない
GENERATE_LATEX = NO
# Graphviz で出力するための DOT ファイルを作る
HAVE_DOT = YES
# DOT ファイルの生成をマルチスレッドで行う
DOT_NUM_THREADS = 4
# コールグラフ (呼び出す側) を作る
CALL_GRAPH = YES
# コールグラフ (呼び出される側) を作る
CALLER_GRAPH = YES
#
EXTRACT_ALL = YES
他にも，extensionだとかpatternだとかをFortranの解析したいソースファイル用に変更する必要があると思う．
# 拡張子とソースファイル形式の対応を記述
EXTENSION_MAPPING = F=Fortran F90=Fortran h=Fortran
# 読み込むべきソースファイルの拡張子を記述
FILE_PATTERNS = *.F90 *.F *.h
あとは
$ doxygen
とすると，htmlというディレクトリが生成される．この中のindex.htmlをブラウザで表示すればよし．