独自ドメインのサブドメインだけ別のサーバーにしたい、という場合のムームードメインの設定です。
ドメインがexample.com、サーバー1のIPアドレスがxxx.xxx.xxx.xxx、サーバー2のIPアドレスがyyy.yyy.yyy.yyyという想定です。

ムームーDNSを利用する

サイドバーから、「ドメイン管理」→「ドメイン操作」→「ネームサーバ設定変更」へ移動。
任意のドメインの「ネームサーバ設定変更」をクリックします。

「ムームードメインのネームサーバ(ムームーＤＮＳ)を使用する」にチェックを入れ、設定を保存します。

ムームーDNSを設定する

サイドバーから、「ドメイン管理」→「ドメイン操作」→「ムームーDNS」へ移動。
任意のドメインの「変更」をクリックします。

「設定2」のカスタム設定のところを編集して、保存します。

ちなみに上記の画像は以下のような意味です。

というような設定はサーバ側でおこないます。いい感じに設定しましょう🙌

ムームードメインだからこう、というわけではなく、他のドメインサービスでも、自社のDNSを使えるところは似たような感じだと思います。