前提
DartをインストールしたあとにFlutterをインストールしている場合で発生しているので必ずしもこうなるかどうかはわかりません。
事象
既存のFlutterプロジェクトのリポジトリをcloneしてくるときに発生します。
Android Studioからプロジェクトを開くとエディタ上部にDart SDK is not configureという警告が出てきます。
このときOpen Dart Settingをクリックして、設定画面に行きDart SDK path:にDartのSDKのあるpathを指定すればいいはずです。
が、適切に指定しないと
Error running 'main.dart': Cannot find runner for main.dart
と怒られてしまいます。
このときには任意のDartのSDKのパスではなく、Flutterを導入した時に包含されているDartのSDKのパス{PATH_YOU_INSTALLED}/flutter/bin/cache/dart-sdk/を指定する必要があります。
もしかしたらこれで解決できるかもしれません。