公式のissueにもありますが、kibana6.2.xだとindex patternとしてエイリアスを利用できません。古いバージョンだったら利用できたのに...

6.3.xでは利用できるようになりましたが、運悪くこのバージョンに当たった場合はDev Toolsから直接指定して回避できます。

PUT .kibana/doc/index-pattern:<エイリアス名>
{
    "index-pattern": {
      "title": "<エイリアス名>"
    },
    "type": "index-pattern"
}

index patternを一度も作ったことのない状態で↑をやってしまうとkibanaの動作がおかしくなるので注意。

その場合 .kibana indexをDELETEすると良いです。