[Git] ブランチについて、マージしていないのにもう片方のブランチに反映される

第一感ですがそのファイルがgitの管理下にないのではないかと思います。

git status

でUntracked files以下に無いか確認されるとよいかと思います。

②secondブランチに移動しファイル変更
③masterブランチに移動してファイル確認

masterブランチに切り替える前に、②で変更したファイルをコミットしたでしょうか？
コミットしていないのであればブランチを移動してもローカルでの変更はそのままです。

最初に「意見交換」ではなく「質問」だと思われます。
可能であれば訂正願います。

※以下ドキュメント参照(公式ドキュメントではないので詳細は公式を参照ください)

質問②に相当する「ブランチの移動」について

現在最新のgit switchか
git branch ～で異なる箇所があります。

git switchで切り替えた場合は
前述のドキュメント通り

指定されたブランチに切り替えます。ワークツリーとインデックスはブランチに一致するように更新されます。すべての新しいコミットはこのブランチの末端に追加されます。

という動作になります。

どのコマンドを使用されたかは不明ですが
どちらにせよ「未コミットの変更がブランチを跨いで反映される」ということはないので
「単に編集内容が反映されている」か
「コミットが同じ位置として記録されているのか」今一度ご確認ください。

他の方が書かれているとおり、編集したファイルをコミットされていないのでは、、、

ローカルの編集はブランチを移動した場合でもそのままかと