df.dropnan() メーソドで、ある欄にNaNの値を含む行を削除すると、
全体のレコード数は減少しますが、indexの順番は単に削除された行をスキップだけです。
そのデータセットを使用して解析を行うと、以下のエラーメッセージが表示されます。
※結果への影響はないと思います。
A value is trying to be set on a copy of a slice from a DataFrame.
Try using .loc[row_indexer,col_indexer] = value instead
回避策として、df.reset_index() メーソドを使用して、データセットのindexを直すことで
事象を解消することができます。