※初めにお断りしておきますが、これは確実にこうすれば直るというものではなく、
こうすれば直る時もあるという記事です。
純度の低い情報で申し訳ありません。

環境

OS: OS X EL Capitan 10.11.6
SourceTree: Version 2.6.3より前(すみません、バージョン記録せずupdateしてしまいました。。。)

どういうこと？

自分のいるブランチが他の誰かによってプッシュされ、更新されたとします。
その時に以下のようにプルにバッチが表示されると思います。

ところが、時々バッチが出ない時があります。

上から順に実行し、変わらなければ下の方法をやるという感じです。

Macの場合はショートカットキーcommand+Rです。

リフレッシュし、数十秒待ちます。

これで無事に表示されればかなり楽なのですが、そうならないことがしばしばあります。

ブランチを別のブランチに切り替えしてから戻ると、何故か上手くいくことがあります。

面倒ですが、一回画面を閉じて

リポジトリの選択画面に戻ると、

このスクショの右上のように無事に「新規コミットがあります」と表示されたり、
別のリポジトリに切り替えた瞬間に「新規コミットがあります」と表示されたりすることがあります。謎ですね。

諦めて、普通にプルします。
別に何も問題は起こりません。
だったら最初からそうしろよ！という話ですが、
バッチが表示されていないと気持ち悪いと思う人間なので、すみません。

ごもっともだと思います。
当方、可視化されているものじゃないと不安なのと
まだGit歴半年の初心者なもので。。。