.NET(C#)でALT+Tabを無効化する方法です。
WindowsAPIのRegisterHotKeyを使用し、ALT+Tabをホットキーとして登録することで無効化します。
コードを以下のように記述します。

Form1.cs

namespace KeyboardIgnore
{
    using System;
    using System.Collections.Generic;
    using System.Text;
    using System.Windows.Forms;
    using System.Runtime.InteropServices;

    public partial class Form1 : Form
    {
        [DllImport("user32.dll")]
        extern static int RegisterHotKey(IntPtr hWnd, int id, uint vkModifiers, uint vk);

        [DllImport("user32.dll")]
        extern static int UnregisterHotKey(IntPtr hWnd, int id);

        private const int HOTKEY_ID1 = 0x0001;
        private const int HOTKEY_ID2 = 0x0002;
        private const int MOD_ALT = 0x0001;
        private const int MOD_CONTROL = 0x0002;
        private const int MOD_SHIFT = 0x0004;
        private const int MOD_WIN = 0x0008;

        public Form1()
        {
            InitializeComponent();
        }

        private void Form1_Load(object sender, EventArgs e)
        {
            // ホットキーの登録
            RegisterHotKey(this.Handle, HOTKEY_ID1, MOD_ALT, (uint)Keys.Tab);
            RegisterHotKey(this.Handle, HOTKEY_ID2, MOD_ALT | MOD_SHIFT, (uint)Keys.Tab);
        }

        private void Form1_FormClosed(object sender, FormClosedEventArgs e)
        {
            // ホットキーの登録解除
            UnregisterHotKey(this.Handle, HOTKEY_ID1);
            UnregisterHotKey(this.Handle, HOTKEY_ID2);
        }
    }
}

なお、Windows7の場合は視覚スタイルを無効にしておかないとRegisterHotKeyが失敗するようです。
私はここで結構ハマったのでご注意ください。
1.スタート
2.コンピュータを右クリック
3.プロパティ
4.システムの詳細設定（画面左側）
5.詳細設定タブ（システムのプロパティ）
6.パフォーマンスの「設定」をクリック
7.視覚効果タブ（パフォーマンスオプション）
8.「ウィンドウとボタンに視覚スタイルを使用する」のチェックを外す