はじめに

Rのsnaパッケージを使って緯度・経度を反映させたグラフを描こうとしているのですが、
ノードが密集してしまってうまく書くことができません。

もし良い解決方法をご存知の方がいらっしゃったらアドバイス頂けますと幸いです。

書いたコード

R

# snaパッケージを読み込み
library(sna)

# 二部グラフのcsvファイルを読み込み
test <- read.csv("test.csv", row.names = "test") 
# matrixに変換
test <- as.matrix(test)
# 転置行列を乗じる。
resulttest <- test%*%t(test)  

# ノードの緯度・経度のcsvファイルを読み込み
loctest <- read.csv("testgeo.csv",header = T,row.names = 1)
# 「coo」と定義
coo <- loctest[,1:2]

# ノードに緯度・経度を反映させてプロットする。
gplot(resulttest,gmode = "graph",displaylabels = TRUE,
edge.col = rgb(0.6,0.7,0.8,0.5),jitter = FALSE,
label.pos = 5,coord = coo)

csvファイルの内容

・「test」の内容は以下のとおりです。

・「testgeo」の内容は以下のとおりです。

出力されたグラフ

このような感じで、うまく表示することができませんでした。

追記

こんな感じでノードの大きさとエッジの幅を狭くして、ノードにラベルを表示するのを諦めたら多少マシになりました。

R

gplot(resulttest,gmode = "graph",displaylabels = FALSE,
edge.col = rgb(0.6,0.7,0.8,0.5),jitter = FALSE,
label.pos = 5,coord = coo,vertex.cex = 0.3,edge.lwd = 0.3)

追記2

「suppress.axes = FALSE」で軸を表示させて、「xlim = c(133,138),ylim = c(34,37)」でプロットする範囲を指定するとこんな感じになりました。

R

gplot(resulttest,gmode = "graph",displaylabels = FALSE,
edge.col = rgb(0.6,0.7,0.8,0.5),jitter = FALSE,
label.pos = 5,coord = coo,vertex.cex = 0.3,edge.lwd = 0.3,
suppress.axes = FALSE,xlim = c(133,138),ylim = c(34,37))

追記3

vertex.sidesを使って頂点の辺の数を指定することで、頂点の形状を変更できます。
（3→三角形、4→四角形、50→丸）
また、vertex.colを使って色を変更することができます。

以下のとおり、行列について上から順に形と色を指定していくことができます。
（行列の全部で19の頂点について、上から順にrep(3,4)→三角形を4つ、rep(4,5)→四角形を5つ、rep(50,10)→丸を10個など。色も同じ。）

R

gplot(resulttest,gmode = "graph",displaylabels = FALSE,
edge.col = rgb(0.6,0.7,0.8,0.5),jitter = FALSE,label.pos = 5,
coord = coo,vertex.cex = 0.3,edge.lwd = 0.3,suppress.axes = FALSE,
xlim = c(133,138),ylim = c(34,37),
vertex.sides = c(rep(3,4),rep(4,5),rep(50,10)),
vertex.col = c(rep("blue",4),rep("red",5),rep("green",10)))