MongoDBを操作する際、シンプルなCRUDであればmongoシェルに入って直接クエリ実行すれば良いですが、aggregateなど複雑なクエリを実行したいときなど、スクリプトを書いて実行したいケースが出てきます。
mongoコマンドにファイルパスを渡して、jsのスクリプトを実行することができます。

find

まずはスクリプトの作成

find.js

// 2021-05-17 00:00:00以降に作成されたユーザーを取得
db.users.find(
    {"created_at": {"$gte": ISODate("2021-05-16T15:00:00.000Z")}},
    {"name": 1, "email": 1, "created_at": 1}
).forEach(function(user){
    // JSONを整形して出力
    print(JSON.stringify(user, null, 4));
});

スクリプトの実行

# --quietオプションでDB接続時の出力を非表示
$ mongo <db_name> find.js --quiet
{
    "_id": {
        "$oid": "6216f5582da21fbad33d315f"
    },
    "name": "test01",
    "email": "test01@example.com",
    "created_at": "2022-02-24T03:02:48.503Z"
}
{
    "_id": {
        "$oid": "6216f5592da21fbad33d3167"
    },
    "name": "test02",
    "email": "test02@example.com",
    "created_at": "2022-02-24T03:02:49.146Z"
}
{
    "_id": {
        "$oid": "6216f5592da21fbad33d3168"
    },
    "name": "test03",
    "email": "test03@example.com",
    "created_at": "2022-02-24T03:02:49.218Z"
}

aggregate

aggregateも同様に実行できます。以下ではidとnameをカンマで結合して出力しています。

aggregate.js

// グループに所属していないユーザーを取得
db.users.aggregate([
    {
        "$lookup": {
            "from": "groups",
            "localField": "_id",
            "foreignField": "users.id",
            "as": "groups"
        }
    },
    {"$match": {"groups": {"$size": 0}}}
]).forEach(function(user){
    // _idとnameをカンマ区切りで出力
    print(user._id + ',' + user.name);
});

# 結果をテキストファイルに出力
$ mongo <db_name> aggregate.js --quiet > result.txt
$ cat result.txt
6216f55f2da21fbad33d31a0,test04
6216f55f2da21fbad33d31a1,test05
6216f55f2da21fbad33d31a9,test08
6216f55f2da21fbad33d31aa,test10

こんな感じで実行することができます。